Google’ın yapay zeka araştırma birimi DeepMind, insan genomundaki hemen hemen tüm tek harflik DNA değişikliklerinin biyolojik etkilerini tahmin eden yeni bir araştırma platformu olan AlphaGenome Atlas’ı kullanıma sundu. Bu yenilikçi platform, insan genomunda ortaya çıkabilecek yaklaşık 9 milyar tek nükleotid varyantına ilişkin tahminleri önceden hesaplayarak araştırmacıların erişimine açıyor.

İnsan DNA’sını oluşturan yaklaşık 3 milyar baz çiftinin her biri, farklı bir baz ile değiştirilebildiği düşünüldüğünde, toplamda yaklaşık 9 milyar farklı olası tek harflik mutasyon söz konusu oluyor. Bu kadar geniş bir varyant setini laboratuvar ortamında deneysel olarak incelemek ise pratikte neredeyse imkânsız bir görev.

AlphaGenome Atlas’ın Amacı ve Önemi

AlphaGenome Atlas’ın temel amacı, yapay zekanın gücünü kullanarak bu devasa ve karmaşık araştırma alanını daha yönetilebilir hale getirmek. DeepMind, AlphaGenome Atlas’ı biyolojik varyantların moleküler etkilerini içeren en kapsamlı katalog olarak tanımlıyor. Böylece genom üzerindeki genetik varyantların işlevsel etkileri hakkında daha derin ve geniş çaplı içgörüler sağlanabiliyor.

AlphaGenome Modeli ve Dev Veri Kümesi

Platformun temelini, DeepMind’ın daha önce geliştirdiği AlphaGenome modeli oluşturuyor. Bu model, 1 milyon DNA baz çiftine kadar olan dizileri analiz ederek gen ifadesi, kromatin erişilebilirliği ve RNA işlenmesi gibi binlerce moleküler özelliği tahmin edebiliyor. Önceki testlerde ise AlphaGenome’un, rakip genel amaçlı modellere kıyasla 26 varyant etki tahmini testinin 25’inde daha başarılı olduğu gösterilmişti.

Ancak AlphaGenome Atlas, araştırmacıların her varyantı tek tek modelden sorgulamak zorunda kalmasını önlemek amacıyla, yaklaşık 9 milyar varyant için tahminleri önceden hesaplayarak devasa bir veri kümesi oluşturuyor. Bu devasa veri kümesinin büyüklüğü 1 petabaytı aşmakta, bu da AlphaFold veri tabanından 30 kat daha büyük bir genetik veri koleksiyonu anlamına geliyor.

DeepMind, AlphaFold’un protein yapı tahminlerini araştırmacıların kolay erişimine sunduğu gibi, AlphaGenome Atlas aracılığıyla da genom üzerindeki yapay zeka temelli tahminleri çok daha geniş bir araştırmacı kitlesine ulaştırmayı hedefliyor. Platform, her genetik varyant için gen düzenlenmesiyle ilişkili binlerce moleküler etkiyi önceden hesaplayarak, genom araştırmalarında yeni bir dönemin kapılarını aralıyor.

Kaynak: Webrazzi Yapay Zeka